Concernant les RTT d'un agent en arrêt maladie, l'article 115 de la loi n° 2010-1657 du 29 décembre 2010 de finances pour 2011 dispose que :
La période pendant laquelle le fonctionnaire relevant de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires ou l'agent non titulaire bénéficie d'un congé pour raison de santé ne peut générer de temps de repos lié au dépassement de durée annuelle du travail.
Dès lors, depuis l'entrée en vigueur de la loi, les agents de la fonction publique en congé pour raison de santé ne génèrent pas de RTT.
Pour les agents en “forfait jours”, l'article 12 récemment modifié indique que le décompte en jours est fixé à 208 jours travaillés par an après déduction de 20 jours de réduction du temps de travail et hors jours de congés supplémentaires.
Il en résulte que l’absence du fait de congés de maladie peut impacter le nombre de RTT dès lors qu’elle atteint un certain seuil ou « quotient de réduction ».
Les dispositions de l'article 115 de la loi de finances pour 2011 ont été par ailleurs précisées par la circulaire n°NOR MFPF1202031C du 18 janvier 2012 relative aux modalités de mise en œuvre de l'article 115 de la loi n° 2010-1657 du 29 décembre 2010 de finances pour 2011 :
Pour les personnels soumis à un régime de décompte en jours de la durée du travail, 228 jours ouvrables annuellement générant, à titre d’exemple, 20 jours ARTT, le quotient de réduction est égal à 228 / 20 = 11,4 jours de travail, arrondis à 11.
Dès que l’absence du service atteint 11 jours, une journée ARTT est déduite du capital de 20 jours ARTT (soit deux journées ARTT déduites pour 22 jours d’absence…).
En résumé, le nombre de RTT est impacté par l’absence du service à partir de 11 jours d’absence, notamment en raison du congé de maladie.