Indemnisation des congés annuels non pris dans la FPH : un décret et un arrêté modifient la réglementation

Le décret n°2025-564 du 21 juin 2025 apporte des modifications au décret n°2002-8 du 4 janvier 2002 en créant de nouveaux articles visant à préciser les modalités de l'indemnisation des congés annuels non pris.

Il est censé transposer les articles 7 de la directive 2003/88/CE du Parlement européen et du Conseil du 4 novembre 2003 concernant certains aspects de l'aménagement du temps de travail et 10.1 de la directive 2019/1158 du Parlement européen et du Conseil du 20 juin 2019 relative à l'équilibre entre vie professionnelle et vie privée des parents et des aidants et abrogeant la directive 2010/18/UE du Conseil. 

Ainsi, le principe posé par l'article 4 du décret du 4 janvier 2002 demeure : le congé dû pour une année de service accompli ne peut se reporter sur l'année suivante, sauf autorisation exceptionnelle accordée par l'autorité investie du pouvoir de nomination. Les congés non pris au titre d'une année de service accompli peuvent alimenter un compte épargne temps, selon des modalités définies par décret.

Un congé non pris ne donne lieu à aucune indemnité compensatrice.

Les congés annuels d'un agent quittant définitivement son établissement doivent intervenir avant la date prévue pour la cessation des fonctions.

Mais des dérogations sont apportées :

Art. 4-1. - Par dérogation aux dispositions du premier alinéa de l'article 4, lorsque l'agent est dans l'impossibilité, du fait d'un congé pour raison de santé, ou du fait d'un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, de prendre son congé annuel au cours de l'année au titre de laquelle il lui est dû, il bénéficie d'une période de report de quinze mois, dont la durée peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle de l'autorité investie du pouvoir de nomination.
La période de report débute à compter de la date de reprise des fonctions. Pour les congés annuels acquis pendant un congé pour raison de santé ou un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, elle débute, au plus tard, à la fin de l'année au titre de laquelle le congé annuel est dû.
A l'exclusion du cas où l'agent bénéficie d'un report du fait d'un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, le report est limité aux droits non-utilisés relevant des quatre premières semaines de congé annuel par période de référence.

Art. 4-2. - Par dérogation aux dispositions du second alinéa de l'article 4, lorsque l‘agent n'a pas été en mesure de prendre son congé annuel avant la fin de la relation de travail, les droits non-utilisés donnent lieu à une indemnité compensatrice.
A l'exclusion des droits non-consommés du fait d'un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, cette indemnité ne compense que les droits non-utilisés relevant des quatre premières semaines de congé annuel par période de référence.
Les modalités de calcul sont précisées par arrêté du ministre chargé de la fonction publique, du ministre chargé de la santé et du ministre chargé du budget.

Les dispositions applicables aux agents contractuels sont également modifiées ; l'article 8 est ainsi réécrit :

L'agent contractuel en activité a droit, compte tenu de la durée de service effectuée, à un congé annuel dans les mêmes conditions que celui accordé aux fonctionnaires titulaires des établissements mentionnés à l'article L. 5 du code général de la fonction publique.

Il ne peut prétendre aux congés prévus aux articles L. 621-3 et L. 651-1 du code général de la fonction publique.

L'on retrouve ainsi la mention du report de 4 semaines de congés avec une période de 15 mois, conformément au droit européen et sa jurisprudence. Mais surtout, le droit français acte l'indemnisation lorsque l‘agent n'a pas été en mesure de prendre son congé annuel avant la fin de la relation de travail.

C'est ensuite l'arrêté du 21 juin 2025 qui précise le calcul de l'indemnité compensatrice de congé annuel non pris en fin de relation de travail.  Elle correspond à la dernière rémunération versée au titre de l'exercice effectif des fonctions sur un mois d'exercice complet. Le cas échéant, cette rémunération tient compte des évolutions de la situation statutaire ou indemnitaire de l'agent qui sont intervenues entre la dernière date d'exercice effectif des fonctions et la date de fin de relation de travail.
Elle intègre le traitement indiciaire, l'indemnité de résidence, le supplément familial de traitement et les primes et indemnités instituées par une disposition législative ou réglementaire, sauf pour les primes et indemnités suivantes :

- les versements exceptionnels ou occasionnels, notamment liés à l'appréciation individuelle ou collective de la manière de servir ;
- les primes et indemnités qui ont le caractère de remboursement de frais ;
- les participations au financement des garanties de la protection sociale complémentaire ;
- les versements exceptionnels ou occasionnels liées aux indemnités relatives aux primo-affectations, aux mobilités et aux réorganisations, ainsi que toutes autres indemnités de même nature ;
- les majorations et indexations liées à une affectation outre-mer, lorsque leur versement est interrompu avant la fin de la relation de travail ;
- les indemnités versées au titre d'une activité accessoire ainsi que les autres indemnités non directement liées à l'emploi ;
- les versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique ;
- les indemnités liées à l'organisation du travail et au dépassement effectif du cycle de travail.

Pour le report de congé annuel du fait d'un congé lié aux responsabilités familiales ou parentales, les nouvelles dispositions sont applicables aux situations individuelles pour lesquelles un droit au report peut être constaté du fait d'un congé dont l'échéance est postérieure à la date d'entrée en vigueur de la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024 portant diverses dispositions d'adaptation au droit de l'Union européenne en matière d'économie, de finances, de transition écologique, de droit pénal, de droit social et en matière agricole.